臨済宗佛通寺派大本山佛通寺は仏通寺川沿いの「佳き山水の地」 を選んで建立された。
そもそも佛通寺は，應永４年（１３９７年）小早川春平公が 愚中周及(佛徳大通禅師)を迎え創建した臨済宗の禅刹である。 佛通寺の名称は，愚中周及の師である即休契了を勧請開山とし， 彼の諡号（佛通禅師）を寺名にしたことを起因とする。
小早川家一族の帰依を受けて瞬く間に寺勢は隆昌し，最盛期には 山内の塔中88ヵ寺，西日本に末寺約３千ヵ寺を数えるに到った。
しかし，応仁の乱の後に荒廃にむかい，小早川隆景の治世になって やや再興したものの，福島家そして続いて浅野家と権力者が変わるにつれて， しだいに当時の面影を失ったのである。 しかし，明治期に入ると一転して法灯は大いに挽回され明治３８年, 初代管長の寛量思休禅師のもと臨済宗佛通寺派として天龍寺から独立復旧し， 参禅道場をもつ西日本唯一の大本山として今日に到っている｡
なお、詳細は下記の 年表に記載してあります。
愚中周及（佛徳大通禅師）
愚中周及は, 美濃（岐阜県）で生まれ, 13歳の時に 夢窓疎石（天龍寺の開山）の下で修行し, 後に春屋妙葩の下で修行した。
１９歳の時に中国（元の時代）に渡り（1341年）,最初、月江正行に参じ、ついで 金山寺（中国湘江省）の住職であった 即休契了（佛通禅師）の下で約10年間修行に励まれ、その法を嗣いだ。
中国から帰国後（1351）, 京都の五山叢林を嫌い, 丹波（現在、京都府福知山）の天寧寺において多くの弟子の育成を 行った。春平の要望に応えて佛通寺を創建（1397）すると ともに弟子の育成にあたった。応永１6年（1409年）87歳天寧寺にて示寂し、佛徳大通禅師 と諡号された。
1397年 小早川春平公が愚中周及禅師を招いて佛通寺を創建する
1403年 瀬戸田に向上庵（現：向上寺）を建立する
1406年 春平の妻松岩尼が含暉院を興造する
1408年 覚隠眞知が住持となり,愚中周及禅師は将軍義持の懇請により京に行く
1409年 愚中周及禅師紫衣を賜る。8月示寂,佛徳大通禅師と諡号される
1411年 含暉院の佛殿が建立される
1416年 本寺の佛殿が建立され,本尊が安置される
1423年 佛通,天寧両寺の住持の交代要員が定められる
1436年 含暉院を除く諸堂宇が焼失する
1439年 本寺の佛殿が再建される
1441年 将軍家祈願所となる。住持の輪番規定が定められる
1508年 大通禅師百年忌
1511年 「佛通禅師住持記 法」が成立する
1550年 小早川隆景が沼田小早川家の養子となり,佛通寺の外護者となる
1600年 福島正則が寺領を没収する
1603年 福島氏から58人の扶持米と紙子代78石を給与される
1608年 大通禅師200年忌
1619年 浅野氏が領主となり,佛通寺の外護者となる
1708年 大通禅師300年忌
1808年 大通禅師400年忌
1874年 住持の輪番制が廃止され,養堂文拙が単独で住持となる
1876年 天龍寺派に属する
1903年 大通禅師500年忌
1905年 天龍寺から独立,佛通寺派となる
1997年 大通禅師600年忌
2001年 開基小早川春平公600遠年諱法要
2002年 佛通禅師修復開眼供養